機能神経外科は脳神経外科の一専門分野ですが、特殊性が高く国際的にも早くから独立した専門学会が開かれてきました。
本セミナーは、九州、山口地区の脳神経外科医の有志数名が集い、機能神経外科に関する学術交流と研究者の親睦、育成を目的に、1991年に第一回研究会を開催したことにはじまります。
本会は10数名からなる世話人会を置き、毎年代表世話人（会長）一人を選出し、代表世話人が指定した会場で年1回2日間にわたり開催しています。
プログラムは各世話人が推薦した一般演題を基に作成しますが、その他に他地区からの応募演題も受け入れ、また、国内外から毎年2〜3名の講師を招聘し教育講演を行っています。
事務局代表は、第1回から第21回まで、（故）島 史雄先生が務められ、最初は九州大学脳神経病研究施設臨床神経生理部門、2001年から医療法人貝塚病院機能神経外科（福岡市東区箱崎7丁目7-27）、2010年７月から、ブックスクリニック福岡（福岡市博多区店屋町6-18ランダムスクエアビルF6に移転してきました。2014年（第22回）から、事務局代表交代に伴って、熊本大学医学部脳神経外科（熊本市中央区本荘1-1-1 代表 山田和慶）に移設しました（事務局代表の所属は現在変わっていますが、事務局は熊本大学脳神経外科となっています。）。
2004年1月からホームページを設け、本会の活動を一般に公開するとともに、研究者間の情報交換、次期開催日や会場の案内、演題募集を行っています。